La Federación como organización estará entrelazada por ejes transversales que cruzan todo el que hacer institucional y de sus respectivos programas internos. Esto significa que todos los programas que desarrolle la organización siempre incluirá estos conceptos: género y desarrollo, mujeres empresarias, cooperativismo y medio ambiente.
GÉNERO Y DESARROLLO
FEMUPROCAN asume que el concepto de género y desarrollo no es estático está aun evolucionando. El genero como construcción social reconoce que las relaciones entre hombres y mujeres pueden cambiar y que ciertas estrategias pueden promover y apoyar este cambio. El desarrollo equitativo y sustantivo implica empoderamiento para convertirse en una participante activa que define y promociona políticas sociales y económicas, es por ello que FEMUPROCAN promueve y fomenta con quienes trabaja (mujeres, hombres, jóvenes) en sus programas estos conceptos de cambio.
COOPERATIVISMO
FEMUPROCAN promueve el cooperativismo en aras de fortalecer y defender a la mujer productora del campo frente a la crisis económica, hambre y violencia que azota a la familia campesina. Consideramos que la producción cooperativa es la forma más eficiente de juntar las potencialidades de las mujeres y que permite un desarrollo económico armonioso y democrático.
MUJERES EMPRESARIAS
FEMUPROCAN promueve la capacitación en técnicas empresariales a las socias porque reconoce que las mujeres cumplen y desempeñan actividades económicas diversas en el funcionamiento de la unidad de producción cooperativa individual o en colectivo y requieren para elevar la calidad de su productos y las utilidades apropiarse de la técnicas empresariales modernas sin menoscabo de su Misión social.
MEDIO AMBIENTE
FEMUPROCAN promueve incorporar en los sistemas de producción prácticas agropecuarias compatibles con la preservación de los recursos naturales y el medio ambiente.